Í skipunarbréfi verkefnisstjórnar 2. áfanga rammaáætlunar skyldi verkefnið snúast um  "vernd og nýtingu náttúrusvæða með áherslu á vatnsafl og jarðhitasvæði". Hér var lagt aukið vægi á vernd og fjölbreytta nýtingu náttúruauðlinda , svo og á sjálfbærni orkulindanna. Í þessum áfanga skal undirbúa fleiri virkjunarkosti til mats, efla rannsóknir, bæta gögn og einnig meta að nýju  kosti 1. áfanga. Vinnan hófst árið 2004 en haustið 2007 tók við ný verkefnisstjórn er leitt hefir 2. áfanga til lykta 6. júlí 2011.