Í 1. áfanga rammaáætlunar, 1999-2003, var sjónarhornið á orku-nýtingu og áhersla lögð á stærri vatnsaflsvirkjanir, sem flestar byggja á lónum á hálendinu, og á jarðhitavirkjanir nærri byggð.
Metnir voru 20 kostir í 11 vatnsföllum og um 20 kostir á 8 háhita-svæðum. Í árslok 2003 skilaði verkefnastjórn skýrslu þar sem m.a. kom fram að frekari rannsókna á háhitasvæðum væri þörf.
